大内存技术提速单细胞核糖核酸测序，加速新冠变种追踪等研究

庞杂的基因测序工作如何能既快又准？这是这项先进技术广泛应用于人类健康的关键。近日，大内存软件公司MemVerge和国内单细胞基因研究生物技术企业百奥智汇联合宣布，双方成功利用大内存技术加快了单细胞核糖核酸测序（scRNA-seq）分析的时间。
据介绍，与传统的基于DRAM的解决方案相比，由英特尔® Optane™持久内存（PMEM）和来自MemVerge的Memory Machine软件组成的尖端的解决方案让单细胞核糖核酸测序的加载时间快了800倍，让某些计算阶段的执行速度提高了25倍。
单细胞核糖核酸测序分析是一个包含多个大规模数据处理步骤的过程。MemVerge方面介绍，长时间运行的过程属于计算密集型，对内存资源具有很高的要求。计算时会使用非常大的矩阵，这需要适配内存的容量，同时中间阶段的计算结果必须保存和重新加载到其他阶段，这都造成了存储和恢复的瓶颈。此外，该过程有许多阶段还必须重复调整参数。
MemVerge称，公司推出的Memory Machine软件则解决了这些内存资源问题。其ZeroIO™内存快照功能消除了存储IO瓶颈，可显著缩短执行整个单细胞核糖核酸测序分析的总体时间。MemVerge方面认为，使用下一代测序技术衍生出的大型矩阵的其他生物信息学分析，也可以用大内存软件来进行加速。
MemVerge首席执行官范承工博士表示，“到目前为止，内存基础设施还没有存储方面可行的替代方案可供基因组测序使用。大内存以极低的成本提供与DRAM相同的高性能，并且具有复杂数据传递途径所需的持久性和敏捷性。”
值得注意的是，在这场席卷全球的新冠疫情中，科学家们也在借助基因组测序来识别新的SARS-CoV-2变种，试图了解对疫情发展的影响。此前的2月17日，鉴于新冠变异毒株传播加剧，白宫宣布美国国家疾病控制和预防中心（CDC）将投资近2亿美元，通过基因组测序来识别、跟踪和缓解最新出现的SARS-COV-2病毒株。
“单细胞核糖核酸测序是推动癌症和COVID-19研究进展的关键基础研究方法之一。”百奥智汇生物信息业务主管Chris Kang表示，“MemVerge和英特尔开发的大内存平台加快了我们的工作流程，帮助我们更快地生成结果，这将对未来更好地认知疾病，提高医疗水平带来更多有效的方法。”(本文来自澎湃新闻，更多原创资讯请下载“澎湃新闻”APP)