cytoscape软件是一款功能强大的开源网络软件。该软件用以Tab制表符分隔的文本文档或Microsoft Excel文件作为输入，主要可以帮助我们集成，分析和可视化数据，比较适合专业的网络人员来使用！

【功能特点】

　　公共数据库客户端

　　Cytoscape是作为一个网络服务客户端工作的，这意味着Cytoscape可以直接连接外部公共数据库，导入网络和注释数据。这意味着Cytoscape可以直接连接到外部公共数据库，并导入网络和注释数据。目前，我们支持Pathway Commons, IntAct, BioMart和NCBI Entrez Gene。我们还将继续为热门数据库开发新的服务客户端。

　　互操作性

　　由于Cytoscape支持导入/导出标准文件格式，你可以很容易地将Cytoscape放入你的工作流程中。例如，如果你有一个由 igraph 或 Bioconductor 生成的网络数据，Cytoscape 可以将该文件以文本表的形式加载，并以 PSI-MI 格式导出，供其他生物信息学工具或你自己的应用程序/脚本使用。

　　从 3.3 版本开始，Cytoscape 支持 RESTful API 的编程访问。你可以使用你选择的编程语言来访问Cytoscape的核心功能，如创建网络，应用布局，或图像导出。

　　会话文件

　　你可以通过一键保存你的工作。所有的设置、数据文件和可视化都打包在一个会话文件中。它被称为Cytoscape会话（.cys）文件。Cytoscape 会话文件包括网络、属性(节点/边缘/网络)、桌面状态(选择/隐藏节点和边缘、窗口大小)、属性、一些插件状态和可视化风格。

　　布局

　　在二维空间布局网络。 有多种布局算法可供选择，包括循环、树形、力导向、边缘加权和yFiles有机布局。您也可以使用类似于其他图形应用程序用户界面的手动布局工具。

【更新日志】

　　更快的渲染速度

　　提高了渲染性能，并优化了与大型网络的交互。Cytoscape现在为多达10,000个节点和3,000,000条边的网络提供了交互式用户体验。

　　新的面板选项

　　你的Cytoscape工作空间现在可以通过新的工作空间面板系统来定制你的可用屏幕空间。面板现在可以最小化，设置为浮动，或停靠在工作空间中。

　　自定义工具栏

　　您现在可以选择项目何时出现在工具栏中，减少杂乱无章的情况，并让您快速访问最常用的工具。

　　更新的分析器应用程序

　　网络分析器的核心应用程序已经重新设计。改进了用户界面，并增加了对Cytoscape自动化的支持，以便于从脚本和分析工作流中访问。

　　标签重新定位工具

　　现在可以在网络视图中快速直观地定位标签。

　　CyBrowser JavaFX更新

　　CyBrowser，Cytoscape 的网页浏览器，已经更新为使用 JavaFX 13。CyBrowser现在与现代网页和应用程序有更大的兼容性。